I perioden 1999 til 2007 blir det jobbet hardt for å samle klubbene i sarpedistriktet under felles, men det er først på senhøsten 2007 samarbeidsklubben finner sin nåværende form, når Sarpsborg FK melder seg inn i samarbeidet. Greåker IF er den eneste sarpeklubben som står utenfor bysatsingen, mens IL Borgar, som egentlig skulle vært med i Fredrikstad, velger å bli med i sarpesatsingen.

De første samarbeidsårene i Sarpsborg preges av en rekke bytter av satsingsklubb. Endringer av klubbnavn og poengtrekk følger også samarbeidets gode tanker som en ond, rød tråd.

I 2000 blir Sarpsborg FK satsingsklubben. Laget får navnet Sarpsborg Fotball, og Karl Petter Løken ansettes for å styre satsingen. Etter noen få måneder bak roret, velger imidlertid den tidligere storspilleren å trekke seg fra vervet. Sesongen får en verst tenkelig avslutning da man sportslig rykker ned fra 2.- til 3.-divisjon.

Nedrykket fører til endringer. Navestad blir den nye satsingsklubben, og det nye lagnavnet blir FF Sarpsborg. Sarpsborg FK og Sparta deltar ikke i samarbeidet, og fortsetter som egne klubber. I 2002 endrer FF Sarpsborg navn. Borg Fotball rykker opp fra 3.-divisjon. Samtidig melder Sparta seg inn i samarbeidet.

2003 blir et nytt, dramatisk år. Borg Fotball rykker ned fra 2.-divisjon, mens Sparta rykker opp fra 3.-divisjon. Økonomiske problemer i Borg Fotball fører til et nytt bytte. FK Sparta Sarpsborg blir den nye satsingsklubben. Borg Fotballs gjeld betales av FK Sparta Sarpsborg, og beholder med det sin plass i 3. divisjon.

Etter opprykket fra 3. divisjon, beholder FK Sparta Sarpsborg plassen i 2. divisjon i 2004. Samtidig rykker Sarpsborg FK opp fra 3.- til 2.-divisjon.

FK Sparta Sarpsborg er i dytten. 2005 blir et jubelår for samarbeidsklubben som rykker opp til 1.-divisjon etter å ha smadret Fram Larvik hele 15-0 hjemme på Sarpsborg stadion i siste seriekamp på eget gress.

I sin første sesong i 1.-divisjon, henter FK Sparta Sarpsborg Makthar Thioune. Senegaleseren blir en publikumsfavoritt som setter fyr på norsk toppfotball. FK Sparta Sarpsborg blir imidlertid trukket to poeng for å ha benyttet midtbanejuvelen uten tillatelse. Under Kai Andersens ledelse kommer laget likevel på 10. plass og fornyer med det kontrakten.

2007 blir dramatisk. FK Sparta Sarpsborg rykker egentlig ned til 2. divisjon, men da Raufoss mister klubblisensen, får sarpingene likevel beholde plassen. Dette kan vist seg å ha vært redningen for dagens Sarpsborg 08.

Høsten 2007 blir alle klubbene i sarpedistriktet samlet under samme fane. Sarpsborg FK melder seg igjen inn i sarmarbeidet. FK Sparta Sarpsborg og Sarpsborg FK flytter sine lag ned til henholdsvis 6.- og 4.-divisjon, mens Sarpsborg 08 (SFK Sparta) overtar plassen til FK Sparta Sarpsborg i 1.-divisjon. Den svenske suksesstreneren Conny Karlsson overtar roret som hovedtrener etter Kai Andersen har ført laget fra 4.- til 1.-divisjon.

Samarbeidsklubben velger 15. januar 2008 sitt første styre.